雖然說明寫說「是為了引進觀賞魚」，但是卻在自經區條例中卻排除「野生動物保育法§24-2」規定為可以引進「野生動物」，引起許多專家的質疑。特別是，台灣會成為第一個開放野生動物買賣的先進國家，不只違反華盛頓公約(CITES)的規定，更違背加入TPP的基本責任。
國發會已經承認這方面的問題，並且答應會將相關條文刪除，但為了節省時間，國發會並未提出新條文，而是提出建議書，希望透過立法院進行條文的修正。這部分依然需要關注。
特別條例47條原先就只是放寬引進觀賞魚規定，但考量103年4月10日第4場示範區特別條例公聽會專家學者之疑慮，本會立即於4月17日邀請農委會等相關部會研商，決議將條例中「野生動物或其產製品」的文字明確限縮為「觀賞水族動物」，且只放寬申請資格與利用之限制，也已將修正意見送請立法委員參考，由委員於4月28日提案刪除。
示範區對觀賞魚種自現行460餘種提升至2,000種以上，但對於華盛頓公約(CITES)規範之魚種，示範區並未放寬，故輸出入CITES所規範保育類物種，須依規定檢附CITES許可證，證明其符合CITES規範始得進口，而其出口及再出口時亦需申請取得相關許可證，並未違反公約。