三月6日開始，自經區草案在國發會的提案下進入立法院經濟委員會，黃昭順召委便立刻進行實質審查。但在審查時，卻發現國發會並沒有準備好「法規影響評估報告」。
一個禮拜後，三月17日，匆忙趕工後補提出的法規影響評估報告，卻因缺乏數據和負面影響評估被立委批評為「不及格」、「寫作文」。勞動部的法規影響評估甚至只有五頁。
| 國發會澄清說明 |
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示範區特別條例研訂期間，各部會均已同步進行相關評估分析，例如：
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但是在4月28日立法院委員會時，卻發現國發會並沒有更改任何法案，造成立院空轉一天。
| 國發會澄清說明 |
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國發會於示範區5場公聽會後，即迅速邀集相關部會進行討論，包括4月17日即與內政部與經濟部討論土地徵收議題，4月18日邀請農委會討論排除野生動物保育議題等，並達成刪除徵收、區段徵收、保育類野生動物活體輸出入僅限觀賞水族動物等多項共識，前述作法報章媒體皆有披露（如中央社4月18日「示範區案排除野保法 限觀賞魚」一文），而國發會均已將相關修正內容提供與委員參考，由委員於4月28日提案刪除，以正面方式回應各界期待。 |
這現象在政府各部會行事中屢見不鮮。國發會提出修改法條建議才是各部會中少見的案例。
| 國發會澄清說明 |
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針對特別條例（草案）修正內容的處理方式，行政部門絕無越權，而是考量草案已送立法院審議，行政部門自應尊重立法院審議權責。且為加速立法作業程序，如果能由委員提出修正建議，更能及早落實法案修正。例如：2010年所得稅法修正，調降營所稅率至17％，即是由國民黨黨團提案修正並獲通過。 |